1. 与化学氧化剂相比，酶促氧化可在温和条件（常温、常压、近中性 pH）下进行，避免使用化学计量比的金属氧化剂。
2. 酶催化氧化具有高度的立体选择性与区域选择性，能给出单一氧化产物，而化学试剂常得到多种混合物（如亚胺、肟、腈、胺氧化物等）。
3. 许多氧化酶以分子氧（O₂）作为末端氧化剂，是绿色化学的理想选择。
4. 辅酶（如 FAD、NAD(P)H）在酶内或级联体系中可被循环再生，无需化学计量添加。
5. MAO-N 等胺氧化酶可利用空气中的O₂作为化学计量氧化剂，副产物仅为 H₂O₂，可被过氧化氢酶进一步分解。