底物识别与进化分类系统
Schechter–Berger 亚位点模型 · Clan / Family 层级分类
底物识别亚位点与肽酶进化分类 左侧展示 Schechter-Berger 模型中酶口袋 S 与底物残基 P 的锁钥配对及切割位点;右侧展示 Clan 包含多个 Family 的进化层级结构。 底物识别 · 进化分类 Schechter–Berger 亚位点 酶活性表面(口袋 Sₙ … S₁ | S₁' … Sₙ') P₃ P₂ P₁ ✂ 切割位点 P₁' P₂' P₃' S₃ S₂ S₁ S₁' S₂' S₃' 底物残基 P 与酶口袋 S 锁钥配对 特异性由 S₁ 口袋决定 切割位点恒在 P₁–P₁' 之间 族(Clan)与家族(Family) Clan SA (丝氨酸 · 胰凝乳蛋白酶族) 共同祖先 · 三维折叠同源 S1 胰凝乳蛋白酶 胰蛋白酶 S3 弹性蛋白酶 激肽释放酶 S6 凝血酶 纤溶酶 Clan PA · Family C1(半胱氨酸) 木瓜蛋白酶 · 组织蛋白酶 · Caspase 命名规则 字母 = 催化类型 S / C / A / M / T / U + 数字(家族编号)
Schechter–Berger 模型:底物 P₁–Pₙ 残基与酶 S₁–Sₙ 口袋一一对应,S₁ 口袋决定底物特异性;切割恒发生在 P₁–P₁' 肽键。
Clan / Family 分类:超越 EC 编号,按序列同源性 + 三维折叠划分;同一家族成员共享共同祖先,同一族(Clan)包含多个进化相关的家族。
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