底物识别与进化分类系统
Schechter–Berger 亚位点模型 · Clan / Family 层级分类
底物识别亚位点与肽酶进化分类
左侧展示 Schechter-Berger 模型中酶口袋 S 与底物残基 P 的锁钥配对及切割位点;右侧展示 Clan 包含多个 Family 的进化层级结构。
底物识别 · 进化分类
Schechter–Berger 亚位点
酶活性表面(口袋 Sₙ … S₁ | S₁' … Sₙ')
P₃
P₂
P₁
✂ 切割位点
P₁'
P₂'
P₃'
S₃
S₂
S₁
S₁'
S₂'
S₃'
底物残基 P 与酶口袋 S 锁钥配对
特异性由 S₁ 口袋决定
切割位点恒在 P₁–P₁' 之间
族(Clan)与家族(Family)
Clan SA
(丝氨酸 · 胰凝乳蛋白酶族)
共同祖先 · 三维折叠同源
S1
胰凝乳蛋白酶
胰蛋白酶
S3
弹性蛋白酶
激肽释放酶
S6
凝血酶
纤溶酶
Clan PA · Family C1(半胱氨酸)
木瓜蛋白酶 · 组织蛋白酶 · Caspase
命名规则
字母 = 催化类型
S / C / A / M / T / U
+ 数字(家族编号)
Schechter–Berger 模型
:底物 P₁–Pₙ 残基与酶 S₁–Sₙ 口袋一一对应,
S₁ 口袋
决定底物特异性;切割恒发生在 P₁–P₁' 肽键。
Clan / Family 分类
:超越 EC 编号,按
序列同源性 + 三维折叠
划分;同一家族成员共享共同祖先,同一族(Clan)包含多个进化相关的家族。
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